Organul executiv al Academiei de Științe este Prezidiul, care organizează și coordonează activitatea Academiei de Științe în conformitate cu Codul cu privire la știință și inovare a Republicii Moldova, Statutul şi regulamentul Prezidiului.
Prezidiul este format din Președinte, vicepreședinți și secretarul științific general.
Structura aparatului administrativ al Prezidiului include centre, secții, servicii şi este aprobată de către Prezidiu. Aparatul administrativ al Prezidiului este condus de șeful aparatului. Anual, se aprobă Planul de activitate al Prezidiului AŞM.
