Структура Аппарата управления включает в себя центры, отделы, службы и утверждается Президиумом. Аппаратом управления Президиума руководит глава Аппарата. Ежегодно утверждается План работы Президиума АНМ.
Подразделения Аппарата управления:
- Отдел академического менеджмента и внешних связей
- Отдел финансов, бюджета и экономического анализа
- Отдел юридических и кадровых вопросов
- Отдел логистики.