Исполнительным органом Академии наук Молдовы является Президиум, который обеспечивает и координирует деятельность Академии наук в соответствии с Кодексом Республики Молдова о науке и инновациях, Уставом и Положением о Президиуме Академии наук.
В состав Президиума Академии входят Президент, вице-президенты и генеральный ученый секретарь АНМ.
Президиум обладает следующими полномочиями:
- координирует и обеспечивает разработку отчета о состоянии науки, отражающего научную политику и пути ее реализации на национальном уровне;
- созывает очередные и внеочередные сессии Генеральной Ассамблеи в соответствии с Уставом АНМ;
- выдвигает предложения по присуждению государственных наград, национальных и международных премий, присваивает отличия и почетные звания, учрежденные Академией наук, а также Премию Академии наук;
- представляет в существующем порядке и в установленных сроках отчеты о деятельности АНМ и отчеты об использовании бюджетных средств;
- выдвигает, по запросу министерств и других центральных специализированных органов государства, научных исследователей для специальной консультативной деятельности;
- утверждает проект бюджета и бюджет Академии наук;
- утверждает среднесрочное бюджетное планирование для Академии наук;
- осуществляет другие виды деятельности в сфере исследований и инноваций, вытекающие из действующей нормативно-правовой базы и Устава АНМ.