Structura aparatului administrativ al Prezidiului include centre, secții, servicii şi este aprobată de către Prezidiu. Aparatul administrativ al Prezidiului este condus de șeful aparatului. Anual, se aprobă Planul de activitate al Prezidiului AŞM.
Secțiile aparatului administrativ:
- Secția management academic și relații externe
- Secția suport și coordonare a proiectelor interdisciplinare și internaționale
- Secția finanțe, buget și analiză economică
- Secția juridică și resurse umane
- Secția logistică
