Organul executiv al Academiei de Științe este Prezidiul, care organizează și coordonează activitatea Academiei de Științe în conformitate cu Codul cu privire la știință și inovare a Republicii Moldova, Statutul şi regulamentul Prezidiului.
Prezidiul este format din Președinte, vicepreședinți și secretarul științific general.
Atribuțiile Prezidiului:
- coordonează și asigură elaborarea raportului asupra stării științei care să reflecte politicile elaborate și modul de implementare a acestora la nivel național;
- convoacă sesiunile ordinare și extraordinare ale Adunării generale conform Statutului AȘM;
- propune acordarea distincțiilor de stat, premiilor naționale, premiilor internaționale, conferă distincții și titluri onorifice instituite de Academia de Ştiinţe, Premiul Academiei de Ştiinţe;
- prezintă, în modul și termenele stabilite, rapoarte de activitate și dări de seamă despre utilizarea mijloacelor bugetare;
- propune, la solicitarea ministerelor și altor organe centrale de specialitate ale statului, cercetători în domenii ale științelor pentru activități ad-hoc consultative;
- aprobă proiectul bugetului şi bugetul Academiei de Ştiinţe;
- aprobă cadrul bugetar de cheltuieli pe termen mediu pentru Academia de Ştiinţe;
- exercită alte atribuții în domeniul cercetării și inovării care decurg din prevederile cadrului normativ și Statutul AȘM.